Selama ini agroindustri lebih banyak dianaktirikan, terutama sustainable agroindustri yang bukan hanya memperhatikan pertambahan nilai (value added) dari aspek ekonomis, namun dari aspek lingkungan dan sosial. Secara ekonomis, banyak sekali agroindustri yang banyak mendatangkan keuntungan dari investor padat modal, namun kurang memberikan nilai ekonomis tinggi kepada petani. Sehingga banyak sekali agroindustri yang dikuasai oleh pemodal besar dengan rente ekonomis yang tinggi tanpa memberikan share keuntungan yang besar kepada para petani.
Dalam konsep rantai pasok, petani hanya dijadikan sebagai “pelaku luar” sehingga peraup keuntungan hanya sampai dengan pedagang antara. Sehingga dari aspek sosial, agroindustri hanya memberikan Corporate Social Responsibility kepada pelaku lain seperti petani dan pedagang antara level rendah. Belum lagi beberapa agroindustri dianggap sebagai environmental consuming dan memberikan environmental burden bagi lingkungan. Hal ini memunculkan berbagai kontradiksi dalam agroindustri.
Oleh karena itu tantangan terbesar bagi aplikasi OR/MS adalah dilakukannya modifikasi terhadap metodologi, metode dan teknik yang semula didesain untuk industri non-agro menjadi fit atau sesuai dengan konteks agroindustri. Oleh karena itu metodologi jamak atau multi-metodologi diperlukan dalam mendesain intervensi sistem agroindustri. (Lebih lanjut mengenai pemodelan sistem dan multi-metodologi dapat di-click).
Agroindustri Indonesia 